На базе вуза успешно работают 6 профильных институтов, 4 диссертационных совета по 8 специальностям.

Научные исследования пермских ученых-медиков внедряются в практическое здравоохранение, отражены в многочисленных научных трудах и патентах на изобретения. Ученые университета ежегодно получают около 30 патентов.

Университет вошел в интеграционные научные процессы с академическими учреждениями Уральского отделения РАН и различными вузами Перми и России. Результат — углубление научных исследований с широким внедрением итогов в медицинскую практику и получение грантов Российского фонда фундаментальных исследований и Российского гуманитарного научного фонда.

Международная научная деятельность университета реализуется в рамках 32 договоров в области научных исследований и образования. Партнерами ПГМУ являются крупные университеты и научные центры Германии, Италии, Израиля, Франции, Швейцарии, Чехии, Казахстана.