Образовательная деятельность в Университете организована соответствии с Федеральным законом Российской Федерации от 29.12.2012 N 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", Приказом Минобрнауки № 301 от 05.04.2017 «Об утверждении Порядка организации и осуществления образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования - программам бакалавриата, программам специалитета, программам магистратуры», Федеральными государственными образовательными стандартами и локальными нормативными актами.

Подготовка обучающихся осуществляется в виде очной формы и включает:

программы высшего образования:

• программы специалитета - 5 программ («Лечебное дело», «Педиатрия», «Стоматология», «Медико-профилактическое дело», «Клиническая психология»);
• программу бакалавриата - («Сестринское дело»).

программы подготовки кадров высшей квалификации:

• программы ординатуры - 50 программ;
• программы подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре - 3 программы.
  

программы подготовки специалистов среднего звена - 3 программы. 

В целях интернационализации медицинского образования с 1992 года в Университете ведется подготовка иностранных обучающихся из 27 стран (граждан Египта, Индии, Марокко, Пакистана, Судана, Сирии, Саудовской Аравии и других государств), с 2016 г. образовательные программы реализуются, в том числе, на английском языке.

Для оптимизации образовательного процесса, решения актуальных проблем медицинского образования, формирования востребованной образовательной платформы функционируют методические советы факультетов, цикловые методические комиссии, Центральный координационный методический совет, проводятся ежегодные учебно-методические конференции.  В Университете созданы и успешно  работают Аккредитационно-симуляционный центр «Виртуальная клиника Вагнера», Центр дистанционного образования, лингвистический центр «Medlinqua».

С 2016 г. в нашем Университете началась первичная аккредитация лиц, завершивших освоение основных образовательных программ высшего образования по специальности «Стоматология», к которым в 2017 г. присоединились лица, освоившие программы высшего образования по специальностям «Лечебное дело», «Педиатрия», «Медико-профилактическое дело» и с 2018 г. – лица, завершившие освоение программ подготовки специалистов среднего звена. Основными подзаконными нормативными актами, определяющими виды, сроки, этапы, порядок проведения аккредитации специалистов являются  Приказ Минздрава России от 02.06.2016  г. № 334н и Приказ Минздрава России от 22.12.2017 г. № 1043н.

В летнюю экзаменационную сессию 2016 - 2017 учебного года  по заказу Рособрнадзора в вузах России был организован IV этап эксперимента по объективной оценке знаний студентов. В данном мероприятии приняли участие более 5,5 тысяч студентов из 115 вузов 55 субъектов Российской Федерации, включая 14 медицинских вузов. В нашем Университете в эксперименте приняли участие студенты 1 и 2 курса, обучающиеся по специальности 31.05.01 Лечебное дело, сдававшие экзамены по биохимии и биологии. В целом в рейтинге объективности медицинских вузов средний уровень объективности нашего Университета составил  89,33%.

За многолетнюю плодотворную научную, педагогическую и врачебную деятельность коллективу Университета дважды (2007 г. и 2017 г.) объявлялась благодарность Президента Российской Федерации. В 2018 г. Университет награжден Дипломом лауреата II Всероссийского конкурса  «100 лучших вузов Российской Федерации».